Tujuan SMA Al-Muayyad sejalan dengan Tujuan Pendidikan Nasional, yaitu ikut “mencerdaskan kehidupan bangsa dan mengembangkan manusia Indonesia seutuhnya, yaitu manusia yang beriman dan bertaqwa terhadap Tuhan Yang Maha Esa dan berbudi pekerti luhur, memi liki pengetahuan dan keterampilan, kesehatan jasmani dan rohani, kepribadian yang mantap dan mandiri serta rasa tanggung jawab kemasyarakatan dan kebangsaan.”
Sesuai dengan keberadaannya sebagai sekolah menengah di Pondok Pesantren, maka secara khusus SMA Al-Muayyad bertujuan menjadikan lulusannya agar:
1. Bertaqwa kepada Allah SWT, berakhlaqul-karimah, dan setia kepada kemaslahatan masyarakat, bang-sa, dan negara.
2. Berjiwa santri yang bercirikan memiliki kemampuan dasar di bidang: Al-Quran, syari’at Islam Ahlus-sunnah wal-Jama’ah, organisasi, dakwah islami-yah, dan mandiri dalam kehidupan sehari-hari.
3. Memiliki bekal ilmu dan pengetahuan untuk melanjutkan ke pendidikan yang lebih tinggi.